Управление МАОУ «СОШ № 21 г. Челябинска» осуществляется на основе сочетания принципов единоначалия и коллегиальности Единоличным исполнительным органом МАОУ «СОШ № 21 г. Челябинска» является директор, который осуществляет текущее руководство деятельностью образовательной организации.
Структурные подразделения в МАОУ «СОШ № 21 г. Челябинска» отсутствуют.